分子建模

分子建模涵盖了用于建模或模仿分子行为的所有理论和计算方法。该方法应用于计算化学、药物设计、计算生物学和材料科学等领域。研究从小型化学系统到大型生物分子和材料组装的分子系统。可以手动执行最简单的计算，但是不可避免地需要计算机来执行任何尺寸合理的系统的分子建模。分子建模方法的共同特征是分子系统的原子级描述。这可以包括治疗原子作为最小独立单元（一个分子力学的方法），或明确地与它的光子（一个建模质子和中子以其夸克，抗夸克和胶子和电子的量子化学方法）。

分子可以在真空中或在溶剂（例如水）的存在下建模。真空中的系统模拟称为气相模拟，而包含溶剂分子存在的模拟称为显式溶剂模拟。在另一种类型的模拟中，使用经验数学表达式来估算溶剂的影响；这些被称为隐式溶剂化模拟。

现在常规使用分子建模方法来研究无机，生物和聚合物系统的结构、动力学、表面性质和热力学。使用分子建模已研究的生物活性类型包括蛋白质折叠、酶催化、蛋白质稳定性，与生物分子功能相关的构象变化以及蛋白质，DNA和膜复合物的分子识别。