衔接子

简介

配体或适配体,或基因工程中的连接体,是一种短的、化学合成的、单链或双链的寡核苷酸,可以连接到其他DNA或RNA分子的末端。

双链适配器可以合成为两端都是钝端,或者一端是粘性端,另一端是钝端。例如,双链DNA适配器可以用来连接另外两个DNA分子的末端(即没有粘性末端的末端,即本身是互补的、突出的单链)。

它可以用来给cDNA增加粘性末端,使其更有效地与质粒连接。两个适配器可以彼此碱基配对,形成二聚体。转换适配器用于将用一种限制性酶(如EcoRl)切割的DNA插入物与用另一种酶(Bam Hl)打开的载体连接。

衔接子

这种适配器可用于将Bam Hl产生的内聚端转换为Eco Rl产生的内聚端,反之亦然。其应用之一是将cDNA连接到质粒或其他载体中,而不是用末端脱氧核苷酸转移酶向cDNA片段添加聚A。

技术概念

在下一代DNA测序过程中,通常将待测序的DNA分子剪切成片段,进行修复,并且将已知序列的衔接子连接至插入片段(insert)文库。

DNA测序样品制备中的关键步骤是寡核苷酸衔接子与DNA片段群体的连接。DNA片段通常在3’尾部加有da,以防止文库DNA的自连接。

衔接子被设计具有3′-t突出端(overhang)以优先连接至片段的3′-da。在连接过程中,衔接子相对于片段是过量的,以最大化连接效率。

通常,建议摩尔比为10:1的衔接子:插入片段(insert),以最 大化连接效率(head,etal.,biotechniques,2014,56,61-68)。

但是,使用较高的衔接子:片段比导致“衔接子二聚体”,这是由于衔接子直接彼此自连接而不是与文库插入序列直接连接。

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