人类微生物群系

人类微生物组是存在于人体组织和生物体液之上或之内的所有微生物群以及它们所在的相应解剖部位的集合，包括皮肤、乳腺、精液、子宫、卵泡、肺、唾液、口腔粘膜 、结膜、胆道和胃肠道。 人类微生物群的类型包括细菌、古细菌、真菌、原生生物和病毒。 虽然微型动物也可以寄生在人体上，但它们通常被排除在这个定义之外。 在基因组学的背景下，人类微生物组一词有时用于指代常驻微生物的集体基因组； 然而，人类宏基因组一词具有相同的含义。

人类被许多微生物定殖，非人类细胞的数量级与人类细胞大致相同。 一些寄生在人类身上的微生物是共生的，这意味着它们可以共存而不伤害人类； 其他人与他们的人类宿主有互惠关系。 相反，一些非致病微生物可以通过它们产生的代谢物危害人类宿主，例如三甲胺，人体通过 FMO3 介导的氧化将其转化为三甲胺 N-氧化物。 某些微生物执行已知对人类宿主有用的任务，但其中大多数的作用尚不清楚。 那些预计会存在，并且在正常情况下不会引起疾病的，有时被认为是正常菌群或正常微生物群。

虽然广为人知的植物群或微生物群落，但这在技术术语上是用词不当，因为根植物群这个词与植物有关，而生物群是指特定生态系统中生物体的总集合。 最近，使用了更合适的术语微生物群，尽管它的使用并没有使植物群在细菌和其他微生物方面的根深蒂固的使用和认可黯然失色。 这两个术语在不同的文献中使用。

阐明人类微生物组的问题本质上是识别微生物群落的成员，其中包括细菌、真核生物和病毒。 这主要是使用基于脱氧核糖核酸 (DNA) 的研究完成的，尽管也进行了基于核糖核酸 (RNA)、蛋白质和代谢物的研究。 基于 DNA 的微生物组研究通常可归类为靶向扩增子研究或最近的鸟枪法宏基因组研究。 前者侧重于特定的已知标记基因，主要在分类学上提供信息，而后者是一种完整的宏基因组方法，也可用于研究群落的功能潜力。

人类微生物组研究中存在但其他宏基因组研究中没有的挑战之一是避免在研究中包括宿主 DNA。

除了简单地阐明人类微生物组的组成外，涉及人类微生物组的一个主要问题是是否存在一个核心，即是否存在一个由大多数人共享的群落子集。 如果有一个核心，那么就有可能将某些社区组成与疾病状态联系起来，这是 HMP 的目标之一。 众所周知，人类微生物组。