GOLM代谢组数据库

GOLM代谢组数据库(GMD)是一个气相色谱(GC)-质谱(MS)参考库，专门用于代谢物分析实验，包含非注释质谱标签(MST、质谱附有保留时间指数的信息）以及大量已鉴定的代谢物和参考物质的数据。GOLM代谢组数据库由位于德国波茨坦戈尔姆​​区的马克斯普朗克分子植物生理学研究所主办。

气相色谱法(GC)与质谱法(MS)相结合是应用最广泛的常规技术之一，用于大规模筛选和发现代谢组学中的新型生物标志物。然而，目前在植物代谢组学分析实验中测量的大多数MST仍然无法识别，因为缺乏经过验证的纯参考物质，以及维护GC-MS化合物鉴定所需的质谱RI库的成本高昂且耗时。随着科学界内分析结果和其他与方法相关的细节（如质谱和RI参考信息）的交流变得越来越流行，信息交换的开放访问平台（如GMD）是强制性的。由于缺乏强制性标准，很难比较单个质谱。虽然可以认为不同的质量检测器技术（即四极杆、离子阱和飞行时间）无关紧要，但色谱设置（例如温度编程、毛细管柱类型和柱制造商的选择）会严重影响凭经验确定的RI特性。因此，在色谱变体之间转移RI属性的程序与共享库的使用高度相关。GOLM代谢组数据库评估色谱变体之间RI转移的准确性，并实施转移经验确定的RI属性的方法。针对未识别的MST的分类和识别，

GOLM代谢组数据库访问有关可用参考化合物的信息。这些化合物用作训练数据集，以将决策树(DT)用作监督机器学习方法。在DT训练之前，应用结构特征提取对GOLM代谢组数据库的代谢物空间进行分类。基于DT的最常见子结构的预测根据化学部分的存在或不存在对连接的（可能未知的）代谢物的低分辨率GC-MS质谱进行分类。基于Web的前端支持通过排名命中列表进行常规质谱和RI比较以及高级DT支持的子结构预测。批处理是通过基于简单对象访问协议(SOAP)的Web服务启用的，而基于Web的数据访问服务公开了特定的数据库实体，这些实体适应了代表性状态转移(ReST)原则和质谱标准，例如NIST-MSP和JCAMP-DX。GOLM代谢组数据库可视化定量代谢物池大小变化数据。