强化子RNA

强化子RNAs（eRNAs）代表一类相对较长的非编码RNA分子（50-2000个核苷酸），由增强子区域的DNA序列转录而来。 它们于 2010 年首次通过使用全基因组技术（例如 RNA-seq 和 ChIP-seq）被发现。 eRNA 可分为两大类：1D eRNA 和 2D eRNA，它们的主要区别在于大小、聚腺苷酸化状态和转录方向性。 给定 eRNA 的表达与靶基因中相应增强子的活性相关。 越来越多的证据表明，eRNA 在顺式和反式的转录调控中发挥积极作用，虽然它们的作用机制仍不清楚，但已经提出了一些模型。

作为基因外转录位点的增强子最初是在全基因组研究中发现的，这些研究将增强子鉴定为 RNA 聚合酶 II (RNA pol II) 结合和非编码 RNA 转录的共同区域。 在这些初步研究中，发现 RNA pol II-增强子相互作用和 RNA 转录本形成的水平高度可变。 使用明确的染色质特征峰，发现很大一部分 (~70%) 的基因外 RNA Pol II 转录起始位点与小鼠巨噬细胞中的增强子位点重叠。 在小鼠基因组的 12,000 个神经元增强子中，几乎 25% 的位点被发现与 RNA Pol II 结合并生成转录本。 在平行研究中，在用炎症介质脂多糖刺激以诱导转录的小鼠巨噬细胞中鉴定出 4,588 个高可信度的基因外 RNA Pol II 结合位点。 与信使 RNA (mRNA) 不同，这些 eRNA 缺乏多聚腺苷酸化修饰，通常很短且非编码，并且是双向转录的。 后来的研究揭示了另一种类型的 eRNA 的转录，它是通过单向转录产生的，它更长并且包含一个 poly A 尾巴。 此外，eRNA 水平与附近基因的 mRNA 水平相关，表明这些非编码增强子 RNA 分子具有潜在的调节和功能作用。

阿纳等。 在不同条件和不同刺激时间下，在 33 种不同细胞类型中鉴定出 65,423 个转录增强子（产生 eRNA）。 增强子的转录通常先于转录因子的转录，而转录因子的转录通常先于基因的信使 RNA (mRNA) 转录。

卡鲁洛等。 检查了一种特定的细胞类型，神经元（来自原代神经元培养物）。 他们展示了 28,492 个推定的生成 eRNA 的增强子。 这些 eRNA 通常从增强子 DNA 的两条链上以相反的方向转录。