谢尔曼环

谢尔曼环（也称为谢尔曼图案或回形针）是蛋白质和多肽普遍存在的结构特征。每个环都有六个氨基酸残基（标记为残基i至i+5），有两个特定的主链间氢键（如下图中的i）和一个典型的主链二面角构象。残基i的CO基与残基i+5的NH氢键（上图中为橙色），残基i+1的CO基与残基i+4的NH氢键（β转，紫色）。残基i+1、i+2和i+3有负的φ（phi）角值，残基i+4的phi值为正。谢尔曼环包含了一个三个氨基酸残基的RL巢（蛋白质结构图案），其中三个主链NH基团（从谢尔曼环残基i+3到i+5）形成一个凹陷，用于与羰基氧结合。蛋白质中约有2.5%的氨基酸属于谢尔曼环。有两个网站可用于研究蛋白质中的小图案，MotivatedProteins；或PDBeMotif。大多数谢尔曼环（82%）发生在α-螺旋的C端，这样残基i、i+1、i+2和i+3是螺旋的一部分。超过四分之一的螺旋（28%）有一个C端谢尔曼环。偶尔出现的谢尔曼环有七个而不是六个残基。在这些情况下，残基i的CO基与残基i+6的NH氢键结合，残基i+1的CO基与残基i+5的NH氢键结合。罕见的”左手”6个残基的Schellman环出现；这些环有相同的氢键，但残基i+1、i+2和i+3的φ值为正，而残基i+4的φ值为负；该巢是LR型的，而不是RL型的。

普通类型的谢尔曼环的残基的氨基酸倾向性已被描述。残基i+4是保守性最高的一个；它有正的φ值；70%的氨基酸是甘氨酸，没有一个是脯氨酸。考虑到与主链氧结合的谢尔曼环的巢穴中的氢键，发现有两种主要的排列类型。1,3-桥式或非桥式。在一种情况下，xxx个和第三个巢状NH基团被一个氧原子桥接。在另一种情况下，xxx个NH基团与序列中四个残基后面的一个氨基酸的CO基团氢键连接，并且没有一个巢状NH基团被桥接。看来，Schellman环路的均匀性比预期的要差。最初的Schellman标准导致包含了现在不被视为Schellman环的特征。第一段中给出了一套较新的标准。